دانشکده دارای 5 بخش آموزشی یا دپارتمان علمی است که هرکدام متناسب به رشته تخصصی خود به آموزش دانشجویان دوره عمومی و تخصصی، راهبری پروژه های عملی - پژوهشی دانشکده و سرپرستی آزمایشگاههای مربوطه می پردازند.
| ردیف | گروهای آموزشی دانشکده |
| 1 | فارماکولوژی و توکسیکولوژی |
| 2 | فارماسیوتیکس و کنترل دارو |
| 3 | شیمی دارویی و داروسازی هسته ای |
| 4 | بیوتکنولوژی دارویی و فارماکوگنوزی |
| 5 | داروسازی بالینی و اقتصاد و مدیریت دارو |